systems biology

Events

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Tuesday 05th - Thursday 07th March, 2024 | 10:00 - 17:00 a.m.

Data Literacy mit Fokus auf Dateninterpretation durch Data Mining

Campus Lehre (N55), UKE

Dr. Sonja Hänzelmann and Dr. Fabian Hausmann, Institute of Medical Systems Biology, UKE

In diesem intensiven 3-tägigen Kurs werden Sie in die Welt der Data Literacy (Die Fähigkeit, kompetent mit großen Datenmengen umzugehen) eingeführt. Der Kurs bietet eine praxisnahe Herangehensweise an biomedizinische Probleme, bei denen die Teilnehmer:innen lernen, wie sie relevante Erkenntnisse aus komplexen Datensätzen gewinnen können.

Topics:
Grundlagen der Dateninterpretation und Data Literacy: Verständnis von Schlüsselbegriffen und Konzepten im Bereich Data Literacy
Python für die Datenanalyse: Einführung in die Programmiersprache Python für Datenanalyse und -manipulation
Einführung in Data Mining-Techniken: Überblick über verschiedene Data Mining-Methoden und ihre Anwendungen im biomedizinischen Bereich.
Praktische Anwendung von Clustering, Klassifizierung und automatischer Mustererkennung
Anwendung auf biomedizinische Probleme: Bearbeitung eines ausgewählten biomedizinischen Problems durch ein Gruppenprojekt
Visualisierung und Interpretation der Ergebnisse: Effektive Kommunikation von Analyseergebnissen durch Datenvisualisierung
Interpretation und Diskussion der gewonnenen Erkenntnisse im biomedizinischen Kontext

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Tuesday 12th - Thursday 13th March, 2024 | 09:00 - 12:00 a.m.

Introduction to Data analysis in R

Seminar room 1.65, Center for Molecular Neurobiology Hamburg (ZMNH), Falkenried 94, 20251 HH

Dr. Behnam Yousefi, Institute of medical systems biology, UKE

This workshop is for students, researchers, and clinicians keen to learn the R programming language and data analysis relevant to biomedicine. The course is designed to be practical and comprehensive with no specific background requirements. We will focus on fundamentals of data analysis with examples of real-life data in biomedicine, such as gene expression. By the end of the course, participants will be familiar with the essentials of data analysis, including statistical tests, linear regression, principal component analysis, clustering and data visualization. The workshop will be in presence and therefore each participant should bring their own laptop (no ipads).

Topics:
Basics of R programming language
Statistical tests
Linear regression
Principal component analysis (PCA)
Clustering
Data visualization

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Tuesday 09th & 10th April, 2024 | 09:00 - 12:00 a.m.

Introduction to Machine Learning in Python

Seminar room 1.65, Center for Molecular Neurobiology Hamburg (ZMNH), Falkenried 94, 20251 HH

Dr. Behnam Yousefi, Institute of medical systems biology, UKE

This workshop is open to students, researchers, and clinicians keen to learn the essentials of machine learning and implementing it via Python. The aim of the course is to provide a comprehensive map of machine learning (and deep learning) methods with no specific background requirements. A little background in python can be helpful, though. We will focus on fundamentals of machine learning, validation methods, linear and nonlinear models, and feature reduction. The students will also get familiarized with the Python packages of Sci-kit Learn and Pytorch. The workshop will be in presence and therefore each participant should bring their own laptop (no ipads).

Topics:
Types of machine learning: supervised and unsupervised
Validation  metrics and cross validation
Introduction to linear and nonlinear models include: Linear regression, Random forest, support vector machines, deep neural networks.
Feature reduction.
Regularization.

 

Institutions

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Leibniz ScienceCampus "Integrative Analysis of pathogen-induced Compartments", InterACt

Interdisciplinary infection research network linking existing research groups in the fields of infection research and structural biology in the Hamburg Metropolitan region even more closely.

Universität Hamburg
Adeline Scharfenberg
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Universität Hamburg
Adeline Scharfenberg
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